Dar am băgat de seamă că şi unul, şi altul au aceeaşi soartă. Şi am zis în inima mea: „Dacă şi eu voi avea aceeaşi soartă ca nebunul, atunci pentru ce am fost mai înţelept?”… Şi aceasta este o deşertăciune… Cum moare unul, aşa moare şi celălalt… Toate au fost făcute din ţărână şi toate se întorc în ţărână. (Eclesiastul 2:14-16; 3:19-20)
Slujirea lui Miller în calitate de căpitan în cel de-al doilea război împotriva Marii Britanii (1812-1814) a reprezentat un punct de cotitură. Chiar înainte de conflict, în inima lui au apărut nori de îndoială cu privire la crezurile sale deiste. Una din probleme era că deismul promitea viaţă după moarte, dar Miller ajunsese la concluzia că după moarte nu mai era nimic.
Miller a început să se gândească la faptul că şi el era muritor şi la implicaţiile acestui lucru. În 28 octombrie 1814, el i-a scris soţiei lui despre un prieten care murise pe câmpul de luptă: „Nu mai e mult şi, asemenea lui Spencer, nici eu nu voi mai fi. E un gând solemn. Vicisitudinile vieţii îl împingeau pe Miller înspre credinţa pe care o respinsese până atunci.
Dar mai avea o speranţă. Dacă ar găsi adevăratul patriotism în rândurile armatei, atunci ar putea spune că credinţa lui în deism nu era eronată. „Dar”, scria el,„doi ani pe câmpul de luptă mi-au fost de ajuns să mă conving că mă înşelam şi asupra acestui lucru.” Reprezentarea negativă a Bibliei cu privire la natura umană părea să fie mai corectă decât perspectiva deistă, care spunea că natura umană era bună şi integră. Dar Miller nu a putut verifica acest lucru cu consemnările istoriei. „Cu cât citesc mai mult”, scria el, „cu atât mai viciat mi se pare caracterul omului. Nu pot vedea nicio licărire de speranţă în istoria trecutului. Cuceritorii lumii şi eroii istoriei se pare că nu erau decât demoni cu chip de om… Am început să îmi pierd încrederea în toţi oamenii.”
Criza finală a lui Miller în deism se pare că a avut mult de-a face cu intervenţia lui Dumnezeu în istorie, în lupta de la Plattsburg, din septembrie 1814. În acea luptă, armata „improvizată” a americanilor a învins o forţă superioară, pe cea a războinicilor britanici, care recent câştigaseră împotriva armatei lui Napoleon.
Toţi preconizau înfrângerea Americii, „un rezultat atât de surprinzător împotriva şansei”, concluziona Miller, „îmi pare a fi intervenţia unei puteri mai mari decât cea a omului”.
La fel ca autorul Eclesiastului, Miller se vedea forţat de greutăţile vieţii să îşi analizeze din nou poziţia faţă de Dumnezeu.